1) Подключиться к FTP сервера, через FTP клиент.
2) Из сборки, нужно заливать только папку cstrike или всё что внутри неё, при этом ничего удалять с сервера через FTP НЕ НУЖНО.
3) Из своей сборки, нужно удалить следующие файлы

dproto.cfg (находится в папке cstrike)
liblist.gam (находится в cstrike/liblist.gam)

Удалить полностью папки перечисленные ниже:

cl_dlls (находится в cstrike)
dlls (находится в cstrike)
metamod (находится в cstrike/addons)
dproto (находится в cstrike/addons)
dlls (находится в cstrike/addons/amxmodx)

Все эти папки и файлы есть на сервере, при их замене сервер не запустится.